ÇOMÜ’de faaliyetlerinin sona erdirilmesi kararı verilen araştırma merkezleri şu şekilde:

* Bilim, Teknoloji ve Yenilik Ekosistemi Uygulama ve Araştırma Merkezi

* Çevre Sorunları Araştırma ve Uygulama Merkezi

* İş Sağlığı ve Güvenliği Eğitim, Uygulama ve Araştırma Merkezi

* Nanobilim ve Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi

* Süt ve Süt Ürünleri Uygulama ve Araştırma Merkezi

* Troas Kültürleri Tarih-Arkeoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi

* Veri Analizi Uygulama ve Araştırma Merkezi

* Yükseköğretim Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi